Se identificaron un total de 226 variantes de secuencia de amplicones, de los cuales 95 correspondieron a 44 especies de peces y cuatro órdenes.

El Instituto de Investigaciones de la Amazonia Peruana (IIAP), entidad adscrita al Ministerio del Ambiente, identificó 44 especies de peces en arroyos y lagunas de bosque de tierra firme de Loreto mediante el metabarcoding de ADN ambiental, lo que evidenciósu eficacia para este tipo de hábitats y su potencial para convertirse en una herramienta de monitoreo para zonas remotas de la Amazonia peruana. Los resultados del estudio fueron publicados en la revista científica internacional ZooKeys.

La Amazonia peruana alberga cerca de mil especies de peces de agua dulce, pero la distribución y el estado de conservación de la mayoría son poco conocidos. Los arroyos pequeños y las lagunas de bosque son especialmente difíciles de muestrear, debido a la vegetación densa, la poca profundidad y el acceso complicado, lo que hace que las capturas con redes o trampas sean lentas y costosas.

En cambio, el metabarcoding de ADN ambiental permite inventariar las especies de peces que están presentes en un cuerpo de agua solo a partir de los restos de ADN liberados por los peces a través, por ejemplo, del mucus, células epiteliales y excretas, en menos tiempo que los métodos tradicionales y sin afectar a los animales.

El equipo del Laboratorio de Biología y Genética Molecular del IIAP filtró aproximadamente 20 litros de agua en 12 sitios de Jenaro Herrera y Nauta. Para todos ellos, extrajo el ADN ambiental contenido dentro de los cartuchos de filtración, y amplificó y se secuenció un marcador genético (código de barra 12S) presente dentro de las muestras de ADN ambiental por secuenciación de nueva generación.

De las 226 variantes de secuencia de amplicones que arrojó el análisis, se identificaron 44 especies de peces pertenecientes a cuatro órdenes: Characiformes, Gymnotiformes, Siluriformes y Cichliformes.

El equipo, asimismo, identificó que la especie con mayor presencia fue Gymnotus carapo, registrada en cinco de los doce sitios. Sin embargo, 131 variantes de secuencia de amplicones no pudieron ser identificadas porque las bases de datos internacionales aún carecen de secuencias de referencia 12S para gran parte de la fauna íctica amazónica. Solo el 11 % de las especies de la cuenca cuenta con secuencias de referencia para el marcador genético 12S. Por esa razón, los autores señalan que fortalecer esas bibliotecas de referencia es la tarea más urgente.

La investigación forma parte del Observatorio de la Biodiversidad de la Amazonia Peruana, iniciativa conjunta del IIAP y el Instituto de Investigación para el Desarrollo de Francia, con financiamiento de Concytec. Los datos de secuencias están disponibles en abierto en NCBI GenBank.